Jagelló Izabella magyar királynő és II. János Erdélyben
Izabella Barabás Miklós festményén
Martinuzzi Fráter György (ismeretlen festő)
Izabella és II. János országlása
A magyar királynővé koronázott Izabella 1540-ben életet adott János Zsigmondnak, nem sokkal később pedig elhunyt Szapolyai János. A király még halála előtt megeskette híveit (Fráter György vezetésével), hogy János Zsigmondot királlyá választják és megtartják az ország keleti részét. Ezzel a váradi béke semmissé vált.
A hírek hallatára Ferdinánd Buda ellen vonult, hogy a váradi béke értelmében átvegye az egész ország feletti uralmat. A vár védői, benne Izabellával és a kis Jánossal sokáig kitartottak, míg 1541-ben megjelent Szulejmán szultán csapataival, aki még a Szapolyainak tett ígéretére hivatkozva – miszerint Ferdinánddal szemben megvédi – elfoglalta Budát.
A királynő rendkívül nehéz helyzetbe került. Az ország három részre szakadt, a szultán kiűzte Budáról, igaz a keleti országrészt és Erdélyt meghagyta számára.
Izabella és fia Gyulafehérváron rendezkedett be, ahol udvarát igyekezett krakkói mintára kiépíteni. Szulejmán katonailag nem szállta meg Izabella uralma alá került területet, de három szandzsákra osztotta: János Zsigmond kapta Erdélyt, Fráter György a Tiszántúl egyes részeit, Petrovics Péter pedig Temesközt.
Az évtized vége felé Fráter György Habsburg pártivá vált, egyre inkább úgy vélte, hogy Ferdinánd jogara alatt egyesíthető a két országrész és kiűzhető a török. Ennek akadálya az Erdélyhez egyre inkább ragaszkodó Izabella volt. Fráter tevekénységének köszönhetően végül 1551-ben sikerült a királynőt rávenni a távozásra, aki ettől kezdve fiával együtt közel hat éven keresztül Lengyelországban élt.
Visszatérés Erdélybe
A szultán rossz néven vette Erdély Habsburg megszállását, ezért 1551-1552-ben több ostrommal igyekezett minél több végvárat bevenni (lásd Egri Csillagok), majd taktikát váltott és az erdélyi nemességet próbálta meggyőzni Izabelláék visszahívásáról. A törökök János Zsigmondot „Erdély és Magyarország királyának” kezdték nevezni. Közben a Habsburgok bizalmatlanná váltak Fráter Györggyel szemben és 1551-ben meggyilkoltatták. A szultán végül 1556-ban elérte célját: Izabellát és János Zsigmondot visszahívták Erdélybe.
Ezzel Erdély formálisan is a török által fegyverrel meghódított és adófizetésre kötelezett területté vált, de számos kiváltságot élvezett. Önrendelkezése messze nagyobb mértékű volt, mint az 1540-es években.
Izabelláék visszatérésének és országszervező munkájának óriási jelentősége volt Erdély jövője szempontjából. Ekkor alakult ki a fejedelemség politikai berendezkedése. 1566-ban a zimonyi találkozón a szultán elismerte a szabad vajdaválasztás jogát is. A királynő 1559-ben bekövetkezett halála után János Zsigmond egyedül irányította Erdélyt. Halála előtt egy évvel fejedelemmé választották (lásd speyeri egyezmény). Erdély első fejedelme tehát anyai ágon lengyel, sőt a Lengyelországban töltött éveinek köszönhetően lengyel műveltséggel is rendelkező államférfi volt. János 1572-ben hunyt el, utóda Báthory István lett, akit pedig nem sokkal később lengyel királlyá is választottak.
Izabella uralkodói pecsétje
II. János Zsigmond
A krakkói palotában, 1539. január 31-én lezajlott előzetes esküvő alkalmából Samuel Maciejowski alkancellár ura nevében ünnepi beszédet mondott, majd ő fogalmazta a februárban keltezett királyi végzést is, amelyben így írt:
„…szentséges királyi felsége meg van győződve arról, hogy ez a barátsághoz járuló új kapocs nemcsak mindkét királyi családot, hanem a szomszédos országokat, Magyarországot és Lengyelországot sokkal erősebb szálakkal és csaknem acélkemény kötelékkel fogja összekötni.”
Verancsics Antal délszláv származású humanista, Szapolyai egyik diplomatája nászdallal köszöntötte az ifjú párt:
„A szarmata-szkíta „frigyből” nem egy alacsony és gyenge, hanem egy igen bátor és erős nép fog származni. Egy célja lehet az ilyen utódoknak: a vad törökök megfékezése, s az ország határainak kiterjesztése!”